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實驗室污水按污水性質、成分及污染的程度可設置不同的排水系統，被化學雜質污染，對人體有害有毒物質的污水應設置單獨的排水管道，這些污水經局部處理或回收利用才能排入室外排水管網。
實驗室內由于化驗盆、洗滌盆等衛生器具和其他用水設備數量較多且分散，所以相應的室內排水支管、干管也較多。因此室內管道布置時，要求管道能相對集中，排放整齊，使施工安裝和操作維修方便；管道轉彎較少，以減少管內阻塞的可能性；主干管要盡量靠近設備排水量、雜質較多的排水點設置；介質在管道內工作要有良好的水力條件等。
管道敷設一般是盡量能沿墻、柱、墻角、柱角、天棚、走廊等設置；管道應盡量避免穿越放置有精密儀器、儀表、電氣設備等的房間或衛生要求較高的房間。
在化學實驗室、純水室等應設置地漏，以防止水管爆裂，水龍頭跑水等能夠及時排水，防止實驗室浸泡，危及儀器設備安全。實驗室的排水管材一般為鑄鐵管。室內酸性排水管道地上部分采用硬聚氯乙烯塑料管，埋地部分宜用耐酸陶瓷管較好。
實驗室的廢水是在試驗操作過程，各種器皿、儀表、工具、衣服的洗滌及設備有冷卻等而產生的，這些廢水應按其性質、成分等采取不同的處理方式。有的廢水可以回收利用其中有用的物質、有的可以直接排至外部排水管網，有的可以直接至外部排水管網，有的則采用適當有方法處理，然后再排至外部管網。例如：一般設備冷卻經使用后只有水溫有所升高，這類廢水不經處理就可排入水體或外部排水管網，有的經簡單處理還可重復使用，有的廢水含有毒有害物質、放射性物質則需經適當處理或回收利用其有用物質后，使之符合國家規定的排放標準，才可排入水體或外部排放管網。
廢水的處理方法，一般有物理法、化學法、生物法。物理法主要利用物理作用以分離廢水中的懸浮物，化學法主要利用化學反應來處理廢水中的溶解物質或膠體物質。生物法的作用是去除廢水中的膠體和溶解中的有機物質。上述三種基本處理方法各有其特點和適用條件。在廢水排入地面水體中要按排放要求來確定處理程度，同時應結合水體的自凈能力，通常根據有害物質和溶解氧的指標來確定水體的容許負荷，即排入水體的容許濃度。
酸性廢水處理方法，利用堿性廢水進行中和，使混合廢水PH值接近中性；在酸性廢水中投加中和性劑；酸性廢水通過堿性濾層過濾中和；離子交換法，電解法。堿性廢水處理方法，利用酸性廢水進行中和，在堿性物質中投放酸性中和劑；向堿性廢水中鼓入煙道廢汽（酸性氣體CO2及SO2）；利用水體中二氧化碳中和堿性廢水。
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